消毒主要杀灭对人体健康有害的病原菌和病毒，保证饮用水的健康和安全。我国饮用水卫生规范规定：每毫升水中细菌总数不超过100个，每升水中大肠菌群总数不超过2个。
在工业水处理过程中，消毒也是避免细菌和微生物污染离子交换膜和反渗透膜的一种措施，有些工业水还具有杀菌和脱毒的要求。水的消毒方法有很多，基本上可以分为物理和化学两类。物理方面有加热煮沸、紫外线消毒、超声波消毒等方法；化学方面有氯化消毒、臭氧消毒、重金属离子消毒等方法。
（一）当波长为3900～1360℃时，具有杀菌能力，2537℃效果较好。紫外线消毒是利用该波长范围的光反射实现消毒的物理方法。
紫外线汞灯有两种：高压和低压（根据灯点燃时管内汞蒸气的压力），灯管是石英玻璃做的，紫外光汞灯点燃时，会发出大量具有杀菌能力的紫外线，同时也会发出少量可见光。
应用紫外线进行停水消毒具有接触时间短、消毒能力强、设备简单、操作管理方便、自动化程度高、处理过程中对水无反应、无中毒危险等特点。可用于小型工业用水，不需添加氯离子。其缺点是：连续消毒没有余氯，目前我国灯具使用寿命较短，价格相对昂贵。
紫外线灭菌器：主要由灯、漏磁变压器、反射镜组成。
紫外线消毒操作中应注意以下几点：
（1）紫外线消毒不具有余氯作用，消毒后的水应加强管理，避免再污染。
（2） 紫外线汞灯用于消毒时，灯点燃后必须有5-15分钟的稳定时间。
（3） 应采取电气措施，确保灯具的额定功率和电压稳定，否则点火电源不足会影响灭菌效果。
（4） 紫外线消毒的设备和管理简单，但由于其使用寿命短、价格昂贵，目前应用受到限制。
（二）氯化消毒
氯气消毒能力强，供应充足，价格低廉，设备简单，参与水中后能坚持一定的残留浓度（俗称余氯），避免了细菌的再污染和繁殖。同时，残留浓度检测方便。由于上述优点，在自来水厂得到了广泛的应用。然而，氯是有毒的，在运输、储存和投加过程中，注意安全和操作。
